Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества...

Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера...